آزمایشگاه نانوداروها با هدف تحقیق و ساخت فرمولاسیون‌های دارویی در مقیاس نانو در حوزه طب سنتی راه اندازی شد و شامل دستگاهها و تجهیزات ساخت این نانوداروها در اشل نیمه صنعتی می‌باشد. دو محصول نانودارو در حوزه طب سنتی تا به حال در این مرکز به مرحله تولید رسیده و تحقیقات نهایی بر روی ۴ نانوداروی دیگر در حال انجام است. کشته‌سازی یکی از تکنیک‌های مهم داروسازی بوده که در یونانی مدیسین نیز وجود دارد. در این داروها با اعمال فرایند های خاص از فلزات، مواد معدنی و داروهای حیوانی یک داروی موثر و سریع الاثر تولید می شود که بعد از وارد شدن به بدن اثر فارماکولوژی سریعی ایجاد می‌کند.

همچنین در این آزمایشگاه روش ولتامتری، برای اولین بار در کشور، به عنوان یک روش جدید برای اندازه گیری مواد موثره فرمولاسیون های دارویی طب سنتی انجام می­شود. این روش ساده، سریع و مقرون به صرفه بوده و یک جایگزین مناسب برای روش­های متداول دیگر است. علاوه بر این، تکنیک­های ولتامتری نیاز به آماده سازی نمونه ندارد و قادر به آنالیز مخلوط و یا نمونه های موجود در بافت­های پیچیده مانند مانند فرمولاسیون های طب سنتی و یونانی مدیسین است.

همچنین در این بخش تحقیقات گسترده ای در زمینه جمع آوری، شناسایی، آنالیز و بررسی ترکیبات معدنی، سنگ­ها و مواد حیوانی موجود در فرمولاسیون­های طب سنتی انجام شده است که برای اولین بار در ایران این آزمایشگاه با تجارب گذشته به مطالعه و بررسی این فرمولاسیون­ها پرداخته است. بخش اول تحقیقات انجام شده در ۱۰ معدنی مهم مورد استفاده در فرمولاسیون های طب سنتی در غالب کتابی در بخش حکمت سرای طوبی این مجموعه منتشر و در اختیار پژوهشگران و دانشجویان علاقمند به این رشته قرار گرفته است.